Die zweimanualige Orgel der Mariabrunner Kirche wurde 1734 von Johann Gottfried Sonnholz (ca. 1695-1781) erbaut. In der Chronik ( „Protocollum“ des Augustiner Barfüßerklosters Mariabrunn, geschrieben ca. 1765) des Klosters heißt es dazu: „...In diesem Triennium wurde unserer allerheiligsten Wundertäterin ein hervorragendes Weihegeschenk von schätzungsweise 4000 Gulden gestiftet und zwar eine große, kunstvolle Orgel mit 19 Registern, die der edle Herr Godefridus Sonnenholz, Orgelbauer und Bürger von Wien, um sein Gelübde zu erfüllen, mit großer Arbeit und nicht geringer Kunstfertigkeit erbaute und auf seine Kosten großartig ganz mit Skulpturen ausschmücken ließ. Im Laufe der Zeit wurden noch sehr kunstvolle und einzigartige sogenannte Gamba- und Flötenregister hinzugefügt. Dieses große und kostspielige Kunstwerk verdiente einen geeigneten Raum. Zu diesem Zweck wurde die Vorderseite des unteren Chores bedeutend erweitert und mit Gipsarbeit verkleidet. So möge Gott geben, daß durch die freigebige Stiftung der Marienverehrer auch der kunstvolle Skulpturenschmuck dieser Orgel, mit Farben und Gold harmonisch bemalt, zur größeren Zierde unserer Kirche beiträgt.“

 Gottfried Sonnholz, „Bürgerlicher Orgelmacher zu Wien“ zählt zu den besten Wiener Orgelbauern des 18. Jahrhunderts. Er schuf unter anderem auch die Orgeln der Stiftskirche Melk (1731/32), der Basilika Mariazell (1737), der Mariahilfer Kirche (1729) und erneuerte 1730 die Kunigschwertorgel des Stephansdoms (auf dem südlichen Orgelchor). Da seine Instrumente weithin geschätzt und bekannt waren, ist es durchaus möglich, dass auf der Mariabrunner Orgel auch Joseph Haydn gespielt hat (wie es ein Stich aus dem 19. Jhdt. zeigt). Von den vorgenannten Orgelwerken existieren heute entweder nur mehr die Gehäuse oder die Instrumente sind durch Umbauten irreversibel verändert worden.

Er zählt zu den besten Orgelbauern, die in Wien tätig waren – bis heute sind Sachverständige von der immensen künstlerischen und handwerklichen Qualität seiner Pfeifen begeistert. Von den erwähnten Orgeln sind zumeist nur noch die originalen Gehäuse erhalten, die mit ihrem reichhaltigen, oft goldfarbenen Schmuck zudem vom hohen bildnerischen Können des Meisters zeugen. Auch die Gestaltung des Mariabrunner Orgelprospekts ist äußerst beeindruckend – wenn man bedenkt, daß das schmiedeiserne Gitter unterhalb der Empore ursprünglich ebenfalls in grün und gold gefasst war, so ergab dies ein Ensemble von einzigartiger Schönheit.

Im 19. Jhdt wurden kleinere und größere Reparaturen an dem Instrument ausgeführt, ohne jedoch die klangliche Substanz wesentlich anzutasten: Mehrfach lesen wir in der Pfarrchronik, daß die Orgel gesäubert und gestimmt, die Tastaturen neu belegt oder aber die 4 (!) Bälge ausgebessert wurden. Die originale Balganlage stand damals nicht an der Rückwand der Empore, sondern in einem Raum oberhalb der Vorhalle. Dies war schon deswegen notwendig, weil hier im 18. Jhdt. noch ein Chorgestühl stand und das Chorgebet stattfand.

Die tiefgreifende Veränderung erfuhr das Instrument, einen dem damaligen Kunstgeschmack entsprechenden, großen Umbau von 1934: der Tonumfang wurde erweitert, Register umgestellt und eine pneumatische Registersteuerung eingebaut, die Pedalwindladen und die Balganlage wanderten in einen eigens dafür konstruierten Kasten auf der Empore – Pilasterkapitelle, die im Weg waren, schlug man kurzerhand ab. Der gravierendste Eingriff erfolgte bei den Metallpfeifen: durch mechanische Veränderungen (sogenannte „Kernstiche“ und „Kernschnitte“) wurde die Klangfarbe des Instruments dem damaligen Klangideal entsprechend dumpfer - nahezu das gesamte Pfeifenmaterial wurde umintoniert, um es dem Klangideal der Zeit anzupassen. All dies geschah in einer nicht nur nach heutigen, sondern auch nach damaligen Maßstäben leider äußerst unsachgemäßen Weise, sodass die wertvolle historische Substanz stark in Mitleidenschaft gezogen wurde und sich der Zustand des Instruments in der Folge zunehmend verschlechtern musste („unspielbar“ lautet das Urteil eines sachverständigen Orgelbauers: „Die Organisten, die damit zu kämpfen haben, sind zu bemitleiden – und zu bewundern!“). Glücklicherweise blieb jedoch ein Großteil des originalen Pfeifenmaterials erhalten – anhand der wenigen Pfeifen, die damals nicht „behandelt“ wurden, lässt sich heute noch erahnen, wie unglaublich hell und farbig der Klang der Orgel gewesen sein muss: Ein begutachtender Orgelbauer verglich ihn mit einem „Silberregen“ und bezeichnete das Instrument als „versunkenen, vergrabenen Goldschatz“.

Somit ist die Orgel der Pfarre Mariabrunn das einzige trotz „Renovierung“ im Wesentlichen erhaltene  Werk von Sonnholz und stellt nicht nur ein äußerst erhaltungswürdiges Klangdenkmal dar, sondern ist auch eine der bedeutendsten Orgeln Wiens.

In Mariabrunn besteht somit die einzigartige Gelegenheit, eine großartige Orgel des 18. Jahrhunderts wieder original erstehen zu lassen und ihr den ursprünglich unglaublich hellen und farbigen Klang zurückzugeben. Dazu ist es notwendig, an jeder der hunderten historischen Pfeifen Zersetzungsprozesse zu stoppen und mechanische Veränderungen zu beseitigen. Besonders das Entfernen der „Kernstiche“, winzige Einschnitte in den Klanglippen der oft nur bleistiftgroßen Pfeifen erfordert genaueste und zeitintensive Arbeit eines Orgelbauers.